El cumplimiento de convenciones internacionales, la Prefectura Argentina, a través de la Dirección de Protección Ambiental, ha establecido rigurosos estándares de operatividad de los buques para evitar la contaminación de los ríos y el medio ambiente por hidrocarburos. Ello implica que el organismo ha supervisado hasta el día de hoy que no se contamine al río con Hidrocarburos.
En tal sentido, los buques que operan con la arenera deben presentar ante  la Dependencia local de la Prefectura, el Certificado Nacional para Prevención de la Contaminación por Hidrocarburos, como condición para poder despachar/navegar.
Todos los buques que operan con la arenera poseen dicho certificado a la fecha.
Para la obtención del certificado, las empresas armadoras proceden a implementar sistemas de achique (escurrido /desagote) especiales, en los cuales se presentan planos y especificaciones técnicas detalladas.
A lo largo de la tramitación de dichos certificados se realizaron exhaustivas inspecciones técnicas por parte del organismo de aplicación indicado.
Asimismo, aún luego del otorgamiento del Certificado, la PrefecturaNaval Argentina, mantiene las inspecciones anuales para supervisar que el sistema no se haya apartado de las condiciones originales.
Este certificado tiene una validez de 4 años (con 3 convalidaciones inmediatas) y luego de ese lapso se realiza una nueva inspección.
Este severo seguimiento del buque, sumado a inspecciones extraordinarias que se efectúan sin previo aviso en el puerto o inclusive durante la navegación con abordaje del Inspector desde un buque Guardacostas asegura el cumplimiento del sistema en forma muy eficiente.

Las basuras que se generan a bordo de los buques que operan con la arenera también son de consideración especial por la Prefectura Naval en el contexto de la protección ambiental quien ha establecido un Certificado Estatutario (obligatorio para navegar) denominado Certificado Nacional de Prevención de la Contaminación de Basuras.
Para la extensión de este certificado, diseñar un Plan de Gestión de Basuras, de aplicación exclusiva para cada buque.
El mismo, determina el manejo de las distintas basuras que se generan a bordo, disponiendo la clasificación y separación de las mismas en: residuos domésticos (de resto de alimentos), residuos contaminados con hidrocarburos ( trapos, estopas) provenientes de máquinas, basuras normales de la operación del buque
(maderas, plásticos, etc) y residuos patológicos (procedentes de enfermedades, jeringas, elementos de curación, etc)
Merece señalarse que las disposiciones de la Prefectura en este tema son muy exigentes para la extensión del certificado pertinente.